Bio je biskup, uvažen i poštovan zbog svega što je uradio na toj dužnosti, ali i ranije prije samog imenovanja.
Po njemu se ne zove niti jedna ulica u Mostaru i niti jedna institucija ili ustanova ne nosi njegovo ime. Upada u oči da biskup Alojzije Mišić to “nije zaslužio” a njegov prethodnik biskup Buconjić i nasljednik biskup Čule, pak jesu.
Zašto je tako?
Fra Alojzije Mišić je punih trideset godina, od 1912. do svoje smrti, 1942. godine obavljao dužnost biskupa u Mostaru. Imenovan je mostarsko-duvanjskim biskupom i trebinjsko-mrkanskim upraviteljem, 5. ožujka, a zaređen za biskupa 18. lipnja 1912. u Rimu. U vrijeme svojih 30 godina biskupovanja osnovao je čak 14 župa.
Biskup Mišić posebno je ostao zapamćen kao prvi biskup koji je ustao protiv ratnih zlodjela početkom II. svjetskog rata. Prostor njegove biskupije pripao je 10. travnja 1941. pod vlast Neovisne države Hrvatske. Biskup Mišić javno se poslanicom oglasio protiv zločina nad pravoslavnim i židovskim stanovništvom koje su činili pristaše ustaškog pokreta i talijanski vojnici na područjima koji su bili pod njegovom crkvenom upravom. Za takvo djelovanje bio je posebnom potaknut pismom upućenom svim franjevcima od strane uprave Franjevačkog reda u kojem između ostalog stoji:
“Franjevci ne smiju imati nikakva udjela u progonima Srba i Židova, u oduzimanju njihovog imetka, pokretnog ili nepokretnog, u iseljavanju Srba u Srbiju i naseljivanju Hrvata u dosadašnjim srpskim naseljima. Franjevci ne smiju imati nikakva udjela u nasilnom i masovnom prevođenju pravoslavnih na katoličku vjeru. Gdje se god pruži prilika, neka franjevci uzimaju u zaštitu progonjene Srbe i Židove i pred narodnim masama i pred državnim vlastima.” Brojni su zbog straha pred progonima iskazivali želju da pređu u Katoličku Crkvu. Biskup Mišić nije takve postupke potpuno podržavao jer je znao da su ljudi vođeni strahom.
Više puta pisao je i nadbiskupu Stepincu u Zagreb da se zauzme koliko može protiv progona nekatolika na njegovu području. Stoga Stepinac piše 11. rujna 1941. ministru unutrašnjih poslova Andriji Artukoviću: “Slobodan sam poslati Vam pismo, koje sam primio od preuzvišenoga biskupa mostarskog A. Mišića. (…) Radi se o bivšim pravoslavcima, koji su prešli u katoličku Crkvu, ali su odvedeni u koncentracioni logor. Preuzvišeni Mišić ih preporučuje da se puste na slobodu.”
Biskup fra Mišić, vođen duhom Evanđelja i kršćanske ljubavi prema svim ljudima, posebno se zauzeo za ljude i potrebi i progonjene. Čak je i u biskupskom dvoru smjestio jednu prognanu obitelj da s njime žive.
Njegovo djelovanje prekinula je smrt 26. ožujka 1942. godine.
Možda je Mišić imao i sreću da ga je smrt spriječila da ne vidi i doživi sve strahote i posljedice rata.
Mišić kao primjer pravog kršćanskog i franjevačkog života nikako ne bi smio biti ignoriran ili zaboravljen.
